Mặc dù các nhà sử học vẫn còn tranh cãi về ảnh hưởng của cuộc chiến đối với lịch sử Anh thời trung cổ, nhiều người nhất trí rằng Chiến tranh Hoa Hồng đã dẫn tới một cục diện chính trị mới và những thay đổi sâu sắc trong cán cân quyền lực. Ảnh hưởng rõ ràng nhất là sụp đổ của triều đại Plantagenet và sự nổi lên của triều đại Tudor, những người cai trị sẽ làm thay đổi sâu sắc nước Anh trong những năm sau đó.

Rất nhiều quý tộc Anh cũng đã thiệt mạng trong cuộc chiến dẫn đến những thay đổi trong xã hội phong kiến Anh, tiếp nối những ảnh hưởng của trận đại dịch Cái chết đen trước đó. Trong đại dịch này, dân chúng quy kết cho quân đội nhà Tudor gieo rắc tai họa trên đường đi của họ. Một cách tương đối, cuộc chiến làm suy yếu quyền lực của các lãnh chúa phong kiến và tăng cường sức mạnh cho tầng lớp thương nhân cũng như cho ra đời một chính quyền quân chủ tập trung mạnh mẽ hơn hẳn dưới thời các vua nhà Tudor. Các sự kiện đó báo hiệu kết thúc thời trung cổ ở Anh và chuyển sang thời Phục Hưng.

Ngoài ra, một số nhà sử học cho rằng thiệt hại của cuộc chiến đã được vua Henry VII phóng đại để nhấn mạnh tầm quan trọng của ông trong việc mang lại hòa bình. Chắc chắn các ảnh hưởng tiêu cực của chiến tranh đối với lái buôn, người lao động và hầu hết dân thường nhỏ hơn nhiều so với những cuộc chiến tranh kéo dài ngày khác ở châu Âu. Cũng có những cuộc vây hãm kéo dài, như ở lâu đài Harlech hay lâu đài Bamburgh, nhưng đó đều là những vùng xa xôi, cư dân thưa thớt. Trong các vùng đông dân cư, các phe phái thường trọn lựa việc tiến hành trận đánh ở những khoảng không gian mở, thuần túy quân sự và không làm ảnh hưởng đến sinh hoạt dân sự bình thường.

Cuộc chiến cũng làm suy giảm nghiêm trọng ảnh hưởng của Anh trên đất Pháp. Sau khi chiến tranh kết thúc, Anh mất tất cả những vùng đất giành được trên đất Pháp trong cuộc Chiến tranh Trăm năm, ngoài vùng Calais dần rơi vào tay Mary I. Mặc dù sau này các nhà cai trị Anh có nỗ lực đưa quân vào châu Âu lục địa, họ không bao giờ còn làm chủ các vùng lãnh thổ nữa. Tại châu Âu lục địa, hai đối thủ của nhau, nhà Burgundy và nước Pháp, cũng lợi dụng tình hình chia rẽ ở Anh để ủng hộ khi thì phe này, khi thì phe kia để chế ngự đối thủ cũng như ngăn chặn một nước Anh thống nhất, hùng mạnh có thể đe dọa họ.

Kết thúc cuộc chiến còn đánh dấu sự chấm dứt tình trạng các lãnh chúa có đất phong được quyền sở hữu quân đội riêng. Henry VII, lo ngại các cuộc nổi dậy, đã quản lý những quý tộc được phong đất hết sức chặt chẽ, tước quyền tuyển, huấn luyện và trang bị quân đội của họ. Kể từ thời Henry VII, quân đội hoàn toàn do chính quyền trung ương kiểm soát. Cũng kể từ đó, các dòng họ quý tộc không còn sẵn sàng mạo hiểm tính mạng và tước hiệu của mình trong những cuộc xung đột không rõ ràng nữa.